在社科院研究生院学习期间，蔡昉还分别到山西、河北、浙江、福建、广东等地调研，走过了大半个中国，广泛地了解了农业、农村、农民。
在农村广泛的调研接触中，蔡开始认真思索中国“三农”问题与农村发展的路径。当时学术界普遍认为家庭承包制只是生产力水平低下时的权宜之计，对此他提出了自己的看法。他与同学刘吉瑞合写了商榷文章《论我国承包农户的性质、特点及发展趋势》。他力图弄清楚家庭经营的生命力所在，并且试图解释为什么1980年代初，农民一旦选择了家庭承包制，就彻底地抛弃了人民公社制度，同时却又开始寻求各种合作形式。后来蔡昉有机会前往西班牙考察世界著名的蒙德拉贡合作企业，在中外比较中，蔡由此区别出政府主导的强制性的合作组织与符合市场规律的成功的合作组织两种形式，以及两者在制度安排上的优劣。
反对农业保护政策
有人总结说，中国的农业增长“一靠政策，二靠科学，三靠减产”。虽然大多数经济学家认为，农业资源配置最终要依靠市场机制，但是以争取政府支持为着眼点的惯性，最终臆造出“农业是弱质产业”的判断。
1980年代，中国的农经界热衷于向政府解说农业的重要性，1990年代则转向了呼吁对农业实行保护政策。蔡昉却是这种保护政策的反对者。他警告说，在中国农业人口仍然占巨大比重的情况下，搞农业保护只能是不彻底的，其结果是一个没有赢家的博弈：农民没有得到充分保护，消费者白白多掏了腰包，政府不堪财政负担和政策执行难度。
蔡昉的自信来自于他扎实的调研。1990年代初，蔡昉曾经在中国的沿海、中部等地区对农业保护做过专门调查。其中每到一地必问的一个问题是：“粮价要多少钱，你会种地？”在沿海地区，蔡昉得到了这样的回答：“即使每斤粮食能卖一二元也不种。因为种粮食与其他非农产业相比，其收入的提高是微不足道的。”在大量的调查之后，蔡昉得出结论：中国农业不具备比较优势，尤其是沿海地区。另外，由于中国农业自给自足的生产流通方式，使地区间的购销合作无法形成，也影响了农业比较优势的发挥。
在社科院为“八五”计划提供改革和发展思路的课题组中，蔡说服同事和领导，将这样的意思写进报告：中国粮食正在丧失比较优势，因此有必要借助于国际市场解决粮食供给问题。在学界的保护声中，蔡昉的声音似乎过于微弱。他1991年发表的《农业比较优势的发挥与市场机制的启动》，遭到了国内大多数同行的质疑。
随后不久，蔡昉出国进修。在美国斯坦福大学食品研究所的图书馆里，蔡昉获得了一间小小的办公室，对面是著名的胡佛塔楼。“夜深人静时，我结合在国内思考过的问题，凭着半生不熟的英文，读了一些著作和文章。当时主要关注的是两个问题：一是农业组织问题，一是农业比较优势问题。”
回国后，面对国内愈益加强的保护呼声以及中国农业比较优势的继续丧失，蔡昉直接以要不要农业保护为题，提出讨论。在受到多数人批评的情况下，蔡昉反而慢慢地把自己的思路理清了。同时他对中国整个农业问题的观点也逐渐清晰起来，并且渐成体系。
这一时期，蔡昉有两个标志性的研究问世。一是《比较优势与农业发展政策》。在当时，这是第一次有人把中国农业经济改革的微观激励机制与宏观资源配置格局结合起来，把是否发挥农业比较优势问题作为农业经济体制改革能否最终完成的标志。
之后，蔡昉在受澳大利亚贸易自由化之父Ross
Garnaut教授的邀请，访问澳大利亚国立大学亚太研究学院时，与他交换了中国农业是否到达从被征税向受保护转折的意见。在随后近两个月的访问期间，蔡昉与人合作了《中国农业的转折点》一文。蔡昉不厌其烦地希望决策者能够了解：对农业实施价格保护与对农业进行价格剪刀差式的征税一样，都是扭曲的政策。这种政策倾向是制约中国农业经济改革最终成功的根本障碍。
最终，当事情的发展确实验证了蔡昉的担忧之后，农业经济学家的共识才逐步达成。
成为迁移专家
在蔡昉的自述书《惑与不惑之间》写道：“我从事经济研究的领域，可以用‘农村包围城市’来形象地表达。最初是进行农业、农村问题的研究，继而通过探讨中国奇迹之谜，而涉及到发展战略和整个经济改革……在对于劳动力迁移和流动的研究中，我也经历了类似的过程。”蔡昉的博士毕业论文《中国的二元经济与劳动力转移》，虽然是结合整个国民经济来观察农村劳动力，但其基本的落脚点仍然在农村。后来，1993年，蔡昉从社科院农村发展研究所调到人口所后，他的研究也发生了迁移。
随着中国城市化的推进，蓄积在农村的剩余劳动力开始向城市转移。由此带来的一系列相关问题是世界发展中国家高度重视的，也是充满争论的。
城市化的初期，面对城市间大量拥入的流动劳动力，城里人鄙夷地称之为“盲流”。对流动现象，不同的政府实行了不同的政策措施。
输入地城市因为迁移人口对当地居民就业和社会安定等所带来的威胁而排斥农村流动人口的涌入，而输出地政府因为农村剩余劳动力的转移促进了地方农民增收而默许或者鼓励流出。而中央政府的态度恰恰介于两者之间，既关心农民收入的稳定增长，也关心城市的社会稳定。所以中央的政策也是不偏不倚的。
蔡昉对劳动力流动研究的第一阶段，就在于揭示支配迁移者流动的经济理性。蔡昉通过对文献研究、亲自调查和分析问卷调查等方式，对劳动力的流动、择业以及自组织过程进行了充分的把握，从信息获得、距离在迁移决策中的影响、人力资本的作用和迁移者对制度的需求，以及当政府的制度供给不能满足需要时，迁移者如何进行自我组织等方面，证实了迁移或流动是完全理性的行为。
作为这方面研究的结果，蔡昉主持完成了社科院的一项跨研究所课题。伴随着课题的完成，蔡昉发表了一系列的论文，其中《劳动力流动、择业与自组织过程中的经济理性》受到了广泛的关注。而蔡昉也逐渐在业界确立了迁移专家的地位。
蔡昉还提出，对流动民工的限制不仅无益于城市职工的就业问题改善，同时，现阶段劳动力是中国具有比较优势的生产要素，人为设立劳动力流动障碍和产品贸易壁垒，规避廉价劳动力造成的竞争局面的地区，都不可避免的要陷入麻烦。所以他建议，开放劳动力市场，把流动民工纳入区域经济发展战略来看待，将是一种具有远见卓识的政策。
从农业、农村到农民，再到城市、区域，到微观改革，蔡昉逐渐形成了以比较优势为核心的理论框架。由于他与林毅夫、李周三人观点的相似性，最终促成了经济学界的一段佳话。
走进政治局授课
2003年前后，中国就业形势的严峻使其成为上上下下高度关注的问题。2003年3月28日，蔡昉和中国人民大学的曾湘泉教授一起，受邀为中共政治局常委就“世界就业发展趋势和中国就业政策研究”这一题目进行讲解，并提出了研究建议。
“我们提出的建议是：解决就业就必须鼓励创业。”蔡昉回忆道，“中共中央政治局进行集体学习时传递的信息是，再就业与创业需要被重视起来，而且需要大力推动。”
在增长优先还是就业优先的两种战略选择面前，蔡昉倡导就业优先。
就业是个世界性的难题。而中国的就业难题是冲击性的。在中国13亿人口中，有7.4亿人就业，也就是说在4亿城乡家庭中，2/3以上的家庭成员是劳动者，就业收入构成家庭收入的主要部分。如果就业不充分，一些家庭可能陷入贫困状态。蔡指出，中国的贫困问题，经历了从农村整体贫困，到农村边缘化贫困的治理过程。目前，贫困问题成为经济转轨中冲击型的贫困，并且从农村转到城市。调查显示，在目前城镇领取最低生活保障的人口中，失业和下岗人员占到40%。
中共十六大提出了全面建设小康社会的目标。而人均收入的提高可以有两种途径，一是就业人口的工资水平不断提高，但另一部分人口没有就业或就业不充分，收入没有什么提高。另一种途径是依靠更加广泛人口的就业，平均工资可能增长不快，但总体人均收入水平仍然可以快速提高，而且收入分配比较均等。蔡昉认为，在劳动力资源丰富的国情下，人民生活水平的提高和收入差距的缩小，主要依靠后一种途径来实现。
他以国际经验为例证明，实行不同的经济发展战略，形成不同的经济增长模式，通常带来不同的就业结果，从而导致相异的社会经济后果。
国际上一般把亚洲四小龙作为实行符合比较优势发展战略的典型，而把一些中南美洲国家作为推行违背比较优势发展战略的代表。从长期来看，不仅前者经济发展绩效优于后者，而且失业率低，收入分配比较公平。例如，把巴西、阿根廷、智利和哥伦比亚四个国家，与韩国、新加坡、中国香港和台湾省四地相比，到20世纪90年代后期，不仅前者的经济发展水平大大低于后者，其平均失业率水平也比后者高2倍，巴西的基尼系数比韩国高92%。
蔡昉建议，中国政府把就业作为宏观经济调控的独立而优先目标，就可以使得这一目标的保障是充分、全面的，不仅依靠经济总量的增长，同时通过产业结构的调整，以及适宜的技术选择战略得以实现。
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